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Advanced Courses on Life Sciences

Curso – 8th Edition

Técnicas de Análisis de Imagen: Tratamiento y Cuantificación de la Imagen Digital

2 al 9 de noviembre, 2022 (Parte telemática y parte presencial)

Imaging

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INSCRIPCIÓN CERRADA

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Este curso se impartirá en dos partes

La primera (2-4 de noviembre) telemática, y la segunda (8-9 de noviembre) de manera presencial.

Tecnicas de Analisis de Imagen Tratamiento y Cuantificacion de la Imagen DigitalResumen del curso

Es un curso fundamentalmente práctico, donde se abordará, entre otros métodos, los procedimientos básicos para el realce y la restauración de las imágenes, la eliminación del ruido de fondo de muestras procedentes de microscopía convencional y confocal, la preparación de máscaras para la cuantificación y el análisis de imagen semiautomático y la reconstrucción tridimensional a partir de secciones ópticas y cortes histológicos.

Todo el software que se utilizará en el curso será libre y se facilitará a los participantes durante el mismo (ImageJ y Fiji).

PARTE TELEMÁTICA:

Bloque 1: Presentación del curso: Diagrama completo del flujo de trabajo en análisis de imagen.

Bloque 2: Hacia la selección de los objetos de interés.

Bloque 3: Imagen Binaria.

Bloque 4: Medidas.

PARTE PRESENCIAL:

Bloque 5: Programario de análisis de imagen.

Bloque 6: Automatización: macroinstrucciones

Ver programa detallado aquí.

REQUISITOS

Graduado o Postgraduado en cualquier grado de Ciencias, conocimientos básicos de Estadística y de informática. Ordenador portátil (Windows, Mac, Linux) y una buena conexión a internet. Es necesario el uso de cámara y auriculares.

Contacto

courses@transmittingscience.com

Fecha

2 al 9 de noviembre, 2022

(2 al 4 de noviembre la parte telemática y del 8 al 9 de noviembre la parte presencial)

Horario y Horas lectivas

Sesiones telemáticas en directo: Del 2 al 4 de noviembre, de 14:00 a 18:00 (Zona horaria de Madrid).

Sesiones presenciales: 8 y 9 de noviembre, de 9:30 a 13:30 y de 15:00 a 18:00 (Zona horaria de Madrid) en el Museo del Institut Catalá de Paleontologia M.C. en Sabadell (Barcelona, Spain). Comidas y pausas para el café incluidas en el precio.

El total de horas lectivas es de 26 horas.

Este curso es equivalente a 1 ECTS (European Credit Transfer System). El reconocimiento de los créditos depende de cada institución.

Lugar

Institut Catala de Paleontologia Miquel Crusafont - MuseumLa parte presencial de este curso tendrá lugar en el Museo del Institut Català de Paleontologia M.C. (Sabadell, Barcelona, Spain).

Más información acerca del lugar del curso AQUÍ.

Idioma

Español

Número de plazas

La capacidad del curso es de 16 participantes, que se ocuparán por estricto orden de inscripción.

Los participantes que completen el curso recibirán un certificado a la finalización del mismo.

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Jose F. Pertusa-Grau instructor for Transmitting Science

Dr. José F. Pertusa-Grau
Universitat de València
España

Soledad De Esteban-Trivigno Transmitting Science coordinator

Dr. Soledad De Esteban-Trivigno

Transmitting Science

Juan Vicente Berto-Mengual coordinator at Transmitting Science

Juan Vicente Bertó-Mengual
Transmitting Science

Programa

Bloque 1: Presentación del curso: Diagrama completo del flujo de trabajo en análisis de imagen

  • Concepto y finalidad del Análisis de Bio-imagen.
  • Cosas a tener en cuenta en la hora de medir.
  • Propiedades de la imagen digital: tamaño y resolución, calibrado, profundidad.
  • Espacios de color.
  • Tipo de archivos de imagen. Paletas de falso color.
  • Dimensiones de las imágenes biológicas.

Bloque 2: Hacia la selección de los objetos de interés:

  • Realce y restauración:
  • operaciones que cambian el número de píxeles,
  • descomposición del color,
  • operaciones punto a punto,
  • operaciones en el dominio espacial,
  • operaciones en el dominio de la frecuencia.
  • Segmentación
  • segmentación manual,
  • segmentación por umbrales,
  • segmentación basada en la detección de bordes,
  • segmentación basada en regiones,
  • segmentación por clustering,
  • segmentación por clasificación de píxeles (machine learning).

Bloque 3: Imagen Binaria

  • Concepto y propiedades de la imagen binaria.
  • operaciones Booleanas (AND, OR, XOR) concepto y aplicaciones.
  • Operaciones de Morfología matemática:
  • Erosión, Dilatación,
  • Apertura, Cierre,
  • Outline, Skeletonize, Analyze skeleton,
  • Fill Holes,
  • Mapa de distancias euclídeas, Ultimate Erode Points,
  • Watershed,
  • Voronoi,
  • Reconstrucción binaria.

Bloque 4: Medidas

  • ¿Qué medir?: Información espacial y espectral.
  • Medida frente a resultado.
  • Exactitud y precisión.
  • Descriptores de forma primarios y derivados.

Bloque 5: Programario de análisis de imagen.

  • ImageJ/Fiji i la importancia del Open Source.
  • Fiji: comandos simples, comandos integrados,
  • Plugins i Macros.
  • Fiji Updater

Bloque 6: Automatización: macroinstrucciones

  • Macroinstrucciones: concepto y uso.
  • El lenguaje macro en ImageJ.
  • Funciones incorporadas (Built-in MacroFunctions).
  • Anotaciones y comentarios para otros usuarios.
  • Variables: definición y uso.
  • Concatenación.
  • Vectores: definición y uso.
  • Estructuras de control (condicionales y bucles).
  • Creación y uso de cuadros de dialogo.

Pertusa Grau, José Francisco (2012) Técnicas de análisis de imagen. Universitat de València. Servicio de Publicaciones Universitat de València, 352 p.

Matrícula

  • Course Fee
  • Precio reducido (hasta el 30 de septiembre, 2022):
  • 476 €
    (Instituciones Embajadoras 380.8 €)
  • Precio completo (a partir del 1 de octubre, 2022):
  • 540 €
    (Instituciones Embajadoras 432 €)
  • Comidas y pausas para el café de la parte presencial incluidas (IVA incluido).
    Al inscribirte recibirás un email con la confirmación de tu aceptación en este curso. El pago no es requerido durante el proceso de inscripción.

Los participantes que pertenezcan a alguna de las instituciones embajadoras listadas AQUÍ tendrán un 20 % de descuento. Los descuentos (ver la sección de Financiación) no son acumulativos y se aplican sólo a la inscripción.

Ofrecemos la posibilidad de pagar en dos plazos (contacte con la coordinadora del curso).

Financiación

Descuentos

Los descuentos no son acumulativos; aplicándose, en cualquier caso, el de mayor cuantía.

Los antiguos participantes tendrán un 5% de descuento sobre el precio actual del curso.

Se ofrece un 20% de descuento sobre la Matrícula del curso para los miembros de algunas organizaciones (Organizaciones Embajadoras). Si le corresponde beneficiarse de este descuento, por favor indíquelo en el formulario de Inscripción (más adelante se le pedirá justificarlo).

Científicos desempleados que vivan en España, así como estudiantes de doctorado españoles que estén desarrollando su doctorado en España y no tengan beca o ayuda para la realización del mismo, podrán beneficiarse de un 40% de descuento sobre la Matrícula del curso. Si desea solicitar este descuento, por favor contacte con la coordinadora del curso. Este descuento se aplicará a un máximo de 1 participante por estricto orden de inscripción.