BLOQUE 1: ANÁLISIS DE BIOIMAGEN: EL FLUJO DE TRABAJO
- Concepto y objetivo del análisis de Bioimagen
- Justificación de la necesidad de análisis computarizado
- percepción/interpretación vs análisis no sesgado
- documentación y reproducibilidad
- high throughput y high content
- Esquema de trabajo básico
- Concepto de workflow y componentes
- Descripción general de los pasos de un workflow típico con ejemplo
BLOQUE 2: SOFTWARE DE ANÁLISIS DE IMAGEN
- Software de código abierto
- Programas más utilizados; programas acreditados
- IMAGEJ – FIJI: origen, filosofía y uso básico
- Menús básicos y update sites: un modelo cooperativo
- Personalización
BLOQUE 3: DIGITALIZACIÓN Y PROPIEDADES DE LA IMAGEN DIGITAL
- Conceptos básicos del proceso de digitalización
- Naturaleza de la imagen digital
- Propiedades de la imagen digital:
- Tamaño, resolución y escala (consecuencias en el análisis cuantitativo)
- Profundidad de bits
- Color, espacios de color, color indexado y paletas de falso color
- Dimensiones de una imagen digital
- Formatos de almacenamiento y algoritmos de compresión
- Propiedades de la imagen digital y optimización de la captura
BLOQUE 4: REALCE Y RESTAURACIÓN
- Necesidad y/o conveniencia de la manipulación de la imagen digital (manipulación estética frente manipulación en el ámbito del análisis cuantitativo)
- Riesgos y ventajas que se derivan de la manipulación
- Objetivo: identificar los elementos de interés de la imagen
- sin ambigüedad
- con el menor sesgo posible
- Operaciones de realce y restauración globales (I)
- Cambio de las dimensiones o la resolución de la imagen
- Manipulación del histograma de niveles de gris
- Cambio de la profundidad de la imagen
- Operaciones de realce y restauración (II)
- Operaciones punto a punto
- Operaciones aritméticas con una sola imagen
- Operaciones aritméticas entre dos o más imágenes
- Operaciones entre píxeles vecinos (en el dominio espacial).
- Notación y convenios de los filtros en FIJI
- Filtrado de la imagen. Variedad de filtros (matriciales y lineales)
- Tipos de filtro en función del resultado producido (desenfoque/afilado)
- Detectores de bordes (derivadas parciales)
- Operaciones en el dominio de la frecuencia
- Ejemplo de operación combinada: Subtract Background
BLOQUE 5: TÉCNICAS DE SEGMENTACIÓN
- Concepto de segmentación
- Vecindad entre píxeles
- Segmentación semántica vs de instancias
- ROIs vs máscaras overlay vs máscaras binarias
- Segmentación manual, semiautomática y automática
- Técnicas de segmentación
- Perfilado manual de contornos (y su valor en la anotación)
- Segmentación por umbrales
- Detección de bordes
- Máximos y tolerancia
- Crecimiento de regiones
- Clustering
- Machine learning
- Deep learning
BLOQUE 6: TRABAJO CON IMAGEN BINARIA
- Características de las imágenes binarias y cómo las ve el ordenador (criterio binario e invertingLUT)
- Operaciones de aritmética binaria (álgebra de Boole)
- Operaciones específicas para imágenes binarias: morfología matemática (MM)
- Erosión y dilatación (Open/Close)
- Mención del criterio de vecindad para operaciones de morfología matemática
- Operaciones MM directamente derivadas: Outline, Fill Holes, Skeletonize (+ Analyze Skeleton)
- Analyze Particles (output Masks) como método de procesado de imágenes binarias
- Operaciones MM relacionadas con el espacio euclídeo
- Mapa de distancias euclídeas
- Watershed (básico y variantes)
- Voronoi
- Ultimate Points
- Colecciones de plugins útiles en imagen binaria
- Morphology (mención especial a Reconstrucción Binaria)
- BioVoxxel (Extended Particle Analyzer)
BLOQUE 7: PARÁMETROS Y CÓMO MEDIR EN FIJI
- Análisis cuantitativo
- Qué medir: cómo condiciona el protocolo de trabajo la medida que se busca.
- Exactitud y precisión de las medidas.
- Parámetros que ofrece FIJI:
- Medidas de campo
- Medidas de objetos
- Escalado de la imagen
- La tabla de resultados
- Cómo medir en FIJI
- Measure vs Analyze Particles: diferencias y opciones configurables
- Recuentos
- Estrategias para medida de objetos anidados (Count Masks vs ROIs vs Speckle Inspector)
BLOQUE 8: AUTOMATIZACIÓN BÁSICA DE WORKFLOWS
- Creación de macroinstrucciones básicas utilizando la función Record
- Análisis automatizado de varias imágenes (Batch Analysis)
